• LATEST
    • A PHP Error was encountered

      Severity: Notice

      Message: Undefined variable: latest

      Filename: views/_header.php

      Line Number: 48

      A PHP Error was encountered

      Severity: Warning

      Message: Invalid argument supplied for foreach()

      Filename: views/_header.php

      Line Number: 48


Cara Diagnosa Cepat-Murah Temukan Tumor Ganas

Selama ini, sifat umum sel kanker yakni perubahan-perubahan jumlah salinan atau kopi gen (copies number); tiap kromosom atau gen hadir dalam genome; fitur sel kanker ini lazim disebut fenomena perubahan-perubahan jumlah salinan gen (copy number alterations /CNAs)—perubahan jumlah kopi / salinan gen pemicu penyebaran tumor. Di dalam satu tumor yang sama, misalnya, sel-sel milik bagian-bagian anatomi berbeda dari tumor itu dapat membawa CNA berbeda. Tumor-tumor dengan banyak CNA lazimnya sangat agresif atau ganas dan cenderung lebih sering berubah, bahkan pasca perawatan khusus terhadap pasiennya. (Science Daily, 18/10/2019).

Baru-baru ini, sejumlah peneliti-senior Nicola Crosetto dan koleganya asal Karolinska Institutet di Swedia, berhasil mengembangkan satu metode baru CUTseq,  yang lebih mudah dan murah guna mengenali atau mengidentifikasi beragam tumor-tumor  yang cenderung sangat agresif atau ganas; karena itu, harus dirawat dan diobati secara lebih agresif. Metode CUTseq dapat mengenali jumlah dan jenis CNA pada berbagai bagian tumor yang sama. Biaya metode CUTseq jauh lebih murah dari teknologi lainnya selama ini. (Science Daily, 18/10/2019)

“I expect that CUTseq will find many useful applications in cancer diagnostics. Multi-region tumour sequencing is going to be increasingly used in the diagnostic setting, in order to identify patients with highly heterogeneous tumours that need to be treated more aggressively. I believe that our method can play a leading role here,” ungkap Nicola Crosetto, peneliti senior pada Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet dan penulis senior dari karya ilmiah ini (Karolinska Institutet, 18/10/2019).

Nicola Crosetto dan koleganya mengembangkan metode genomik CUTseq pada Bienko-Crosetto Laboratorym Karolinska Institutet dan Science for Life Laboratory (SciLifeLab) di Swedia. Hasilnya, metode CUTseq dapat menilai jumlah dan jenis CNAs pada banyak bagian berbeda dari tumor yang sama. (Science Daily, 18/10/2019).

Metode CUTseq bekerja dengan DNA hasil ekstraksi berbagai biopsi dan bahkan dari bagian-bagian jaringan tipis sangat kecil – jenis sampel yang biasanya diandalkan oleh para patolog untuk mendiagnosis kanker melalui mikroskop. Dengan menandai DNA hasil ekstraksi dari beberapa bagian sampel tumor yang sama dengan barcode molekul unik, gambaran lengkap heterogenitas CNA tumor dapat diperoleh melalui percobaan sekuensing tunggal.

Aplikasi metode CUTseq tidak hanya berguna mendiagnosa kanker, tetapi juga aplikasi lainnya. “For example, CUTseq could be used as a platform for cell line authentication and to monitor genome stability in large cell line repositories and biobanks. It could also be applied in ecology, as an alternative to other reduced representation genome sequencing methods, such as RAD-seq, to assess biodiversity in a cost-effective way,” ungkap Magda Bienko, peneliti senior pada pada Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet dan penulis senior dari harya ilmiah ini. (Karolinska Institutet, 18/10/2019).

Hasil riset dan penemuan Nicola Crosetto dan koleganya itu dirilis oleh jurnal Nature Communications, edisi Oktober 2019. (Xiaolu Zhang, Silvano Garnerone, Michele Simonetti, Luuk Harbers, Marcin Nico?, Reza Mirzazadeh, Tiziana Venesio, Anna Sapino, Johan Hartman, Caterina Marchiò, Magda Bienko, Nicola Crosetto, “CUTseq is a versatile method for preparing multiplexed DNA sequencing libraries from low-input samples”,  Nature Communications, 2019).

Metode CUTseq menggunakan enzim-enzim restriksi dan transkripsi in vitro ke barcode dan memperkuat DNA genome sebelum pengurutan paralel masif terhadap DNA genomik yang sangat bergantung pada indeks pustaka dari tahap akhir persiapan (library preparation) atau konstruksi pustaka (library construction). Suatu pustaka (library) diperoleh dari atau dihasilkan secara terpisah untuk tiap sampel. Ini selalu memakan waktu dan biaya. (Xiaolu Zhang, et al., 2019)

Tim peneliti-ahli itu berhasil mengembangkan metode genome lebih murah, cepat, dan mudah dengan kinerja sensivitas dan reproduksivitas untuk garis-garis sel maupun sampel jaringan formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE). Hasilnya, metode ini diterapkan terhadap profiling nomor salinan DNA multi-wilayah dari bagian-bagian tumor FFPE tunggal dan penilaian heterogenitas genetik intra-tumor resolusi spasial tinggi. Jadi, metode CUTseq serbaguna dan hemat biaya untuk persiapan pustaka (library preparation) yang mengurangi sekuensing representasi genome serta bermanfaat bagi penelitian dan diagnostik. (Xiaolu Zhang, et al., 2019)

Proyek riset itu didukung oleh  Swedish Society for Medical Research (SSMF), Science for Life Laboratory, Swedish Research Council, Ragnar Söderberg Foundation, Swedish Cancer Society, the Swedish Foundation for Strategic Research, dan Strategic Research Programme in Cancer (StratCan) pada Karolinska Institutet di Swedia.

Kontribusi Magda Bienko dan Nicola Crosetto setara dalam penulisan karya ilmiah itu. Riset kolaborasi itu melibatkan banyak peneliti-ahli yaitu (1) Xiaolu Zhang asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165 di Swedia; (2) Silvano Garnerone asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165 di Swedia; (3) Michele Simonetti asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165 di Swedia;

(4) Luuk Harbers asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165 di Swedia; (5) Marcin Nico? asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165 di Swedia dan Department of Pneumonology, Oncology and Allergology, Medical University of Lublin, 20954 Lublin di Polandia;

(6) Reza Mirzazadeh asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165 di Swedia; (7) Tiziana Venesio asal Pathology Unit, Candiolo Cancer Institute, FPO-IRCCS, 10060 Candiolo (TO) di Italia; (8) Anna Sapino asal Pathology Unit, Candiolo Cancer Institute, FPO-IRCCS, 10060 Candiolo (TO) di Italia dan Department of Medical Sciences, University of Turin, Turin di Italia;

(9) Johan Hartman asal Department of Oncology and Pathology, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17177 di Swedia dan Department of Clinical Pathology, Karolinska University Laboratory, 17176 Stockholm di Swedia; (10) Caterina Marchiò asal 3 Pathology Unit, Candiolo Cancer Institute, FPO-IRCCS,10060 Candiolo (TO), Italia dan Department of Medical Sciences, University of Turin, Turin, Italia;

(11) Magda Bienko asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165 di Swedia; dan (12) Nicola Crosetto asal Science for Life Laboratory, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, Stockholm SE-17165, Swedia. 

 

 

Oleh: Servas Pandur